GENETICS AND GENOMICS
BREEDOMICS: MARKER-ASSISTED BREEDING

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Marcatori molecolari

Marcatori del DNA per l’analisi genica, genetica e genomica in specie di interesse agro-alimentare
(RFLP e PCR-derivati, inclusi SSR e SNP)

• DNA fingerprinting
• DNA genotyping
• DNA haplotyping
• cp/mtDNA barcoding
• MG/QTL mapping
• MAS breeding
• mRNA profiling
DNA fingerprinting
Tecnologia che consente la discriminazione tra individui nonché l’identificazione univoca di singoli individui di una data specie in base ai profili elettroforetici di marcatori molecolari dominanti (AFLP) rilevati nel loro genoma mediante ibridazione o amplificazione.
DNA genotyping
Tecnologia che consente la determinazione del genotipo di uno o più individui mediante l’analisi di marcatori molecolari codominanti (SSR): la stima del grado di omozigosi/eterozigosi è basata sulla composizione allelica ad un certo numero di loci mappati (>10).

DNA haplotyping
Tecnologia che consente la definizione della composizione nucleotidica delle possibili varianti alleliche con riferimento ad una singola sequenza genica: la ricostruzione dell’aplotipo è basata sulla ricerca di polimorfismi per singoli nucleotidi (SNP).

DNA barcoding
Tecnologia che consente l’identificazione genetica di un individuo usando una breve sequenza nucleotidica di un gene bersaglio (BARCODE) di origine plastidiale o mitocondriale attraverso la comparazione con una banca dati di sequenze di geni omologhi di specie tassonomicamente note.
Mappaggio e Clonaggio di geni
Analisi genetico-molecolare di popolazioni segreganti per il mappaggio di geni Mendeliani e QTL; Identificazione di sequenze geniche e caratterizzazione dei loro modelli di espressione.
MG/QTL mapping
DNA fingerprint barcodingMappaggio di geni Mendeliani e di geni che controllano la manifestazione di caratteri quantitativi (QTL) mediante marcatori molecolari utili ai fini della selezione genetica assistita.
MAS breeding
mas breeding Selezione genetica di individui che manifestano particolari caratteristiche fenotipiche, sia qualitative che quantitative, mediante marcatori molecolari associati ai geni corrispondenti oppure di individui che evidenziano specifiche combinazioni genotipiche.

Estrazione, purificazione e valutazione di acidi nucleici
Analisi elettroforetica e spettrofotometrica di DNA genomico e di RNA totale.

Caratterizzazione di campioni di DNA genomico usando marcatori dominanti PCR-derivati
Caratterizzazione di campioni di DNA genomico mediante rilevazione di marcatori dominanti PCR-derivati con elettroforesi tradizionale (RAPD, AP-PCR, I-SSR, AFLP, SCAR, ecc.)

Caratterizzazione di campioni di DNA genomico usando marcatori STS singolo locus
Caratterizzazione di campioni di DNA genomico mediante rilevazione di marcatori co-dominanti PCR-derivati con elettroforesi capillare (SSR, SNP, SCAR, CAPS, ecc.)

Caratterizzazione bioinformatica e annotazione ontologica di sequenze nucleotidiche
Caratterizzazione bioinformatica e annotazione ontologica (GO) di dataset di sequenze genomiche (DNA) e trascrittomiche (EST) e di polimorfismi genici (marcatori molecolari).
Determinazione di statistiche di diversità genetica e di similarità genetica
Determinazione di statistiche di diversità genetica, similarità genetica, identità genetica, differenziazione genetica e flusso genico, distanze genetiche, gradi di omozigosi/eterozigosi, indice di fissazione (coefficienti di inbreeding, F) e predizione di eterosi (heterosis, H).

Caratterizzazione genetico-molecolare di varietà
Caratterizzazione genomica di linee pure, ibridi, cloni, sintetiche, ecotipi, ecc. con marcatori molecolari dominanti e co-dominanti.
Monitoraggio della biodiversità
Determinazione della diversità genetica a livello intra- ed inter-specifico usando marcatori molecolari di origine nucleare, mitocondriale e plastidiale.
Tracciabilità genetica di prodotti agro-alimentari
Identificazione genetica di prodotti alimentari a partire da qualsiasi matrice solida e liquida utile ai fini della tracciabilità lungo la filiera.
Selezione genetica assistita da Marcatori molecolari (MAB, marker-assisted breeding)
Selezione di specifici genotipi; pianificazione di incroci in base alle distanze genetiche; quantificazione del grado di omozigosi di linee pure e inbred, e del grado di eterozigosi di ibridi e sintetiche; ecc.

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